Geralmente a meditação é uma prática silenciosa, de imobilidade, e aparentemente não causa alterações no nervoso autônomo incluindo o coração.

O sistema nervoso autónomo (SNA), que inclui os nervos que controlam as batidas cardíacas e nosso sistema endócrino, músculos do sistema digestivo, é constituído de duas partes que realizam funções opostas a fim de manter a homeostase. O primeiro é o sistema nervoso simpático, que está relacionada à ação, e o segundo é o parassimpático, que está relacionado com o relaxamento e funções passivas. Tais partes funcionam alternadamente, mantendo o equilíbrio do todo. O sistema nervoso simpático nos prepara para a ação em caso de emergência ou ameaça, principalmente em situações que exigem atitudes físicas, correr, lutar ou saltar. Em situações assim, as descargas de adrenalina nos preparam para a ação.

O sistema parassimpático em contrapartida, suporta funções não-emergenciais, como a digestão, o crescimento e o sistema imunológico; aspectos de manutenção do organismo a médio longo prazo. O neurotransmissor, acetilcolina, está relacionado com as funções parassimpáticas, como a noradrenalina. Os dois sistemas não podem funcionar simultaneamente, e precisam um do outro, a fim de proporcionar a homeostase.

Se o corpo está fora de equilíbrio, um deles está predominantemente em atividade e podem ocorrer danos. Quando levamos uma vida estressante e não fazemos nada para equilibrar o stress, nosso sistema nervoso simpático tende a ser sobrecarregado, e o parassimpático não terá tempo suficiente para fazer o seu trabalho e restaurar nossa saúde.

Dr. Herbert Benson demonstrou que os efeitos da meditação são essenciais neste contexto, proporcionam a ativação de todo o aparato parassimpático e reduzem a atividade do sistema nervoso simpático.